Начало формирования и развития научной школы «Экономика отраслей садоводства и виноградарства» заложено в 1958 году доктором экономических наук, профессором Легкоступ Сергеем Серафимовичем с организацией в институте отдела экономических исследований.

Первоначально научные исследования отдела были сконцентрированы на обосновании рационального размещения садоводства и виноградарства в хозяйствах Северного Кавказа и расчетном обосновании ресурсного обеспечения.

С 1963 года отдел возглавил Москаленко Вячеслав Харлампиевич, кандидат экономических наук, который продолжил развитие исследований не только по рациональному размещению, но и по зональной специализации садоводства и виноградарства на Северном Кавказе. Под его руководством отдел осуществлял исследования и разработку нормативов капитальных вложений на закладку многолетних насаждений и уходные работы, оценку эффективности использования производственных фондов в садоводстве.

С 1982 по 1998 гг. научное руководство экономическими исследованиями в институте осуществлял Переверзев Иван Николаевич – Герой Социалистического Труда, доктор экономических наук, профессор. Под его научным и методическим руководством начались исследования с системным экономическим анализом тенденций развития отраслей садоводства и виноградарства.

С 1986 года под руководством Петрова Юрия Дмитриевича, кандидата экономических наук, сотрудники отдела продолжили исследования по вопросам концентрации производства, организации труда в садоводстве и виноградарстве, разработке эколого-экономических моделей оптимальных производственных параметров в виноградарстве.

С 1991 года отдел экономических исследований сокращается до лаборатории, во главе которой находилась Кузнецова Валентина Григорьевна. Отраслевые научные исследования в основном концентрировались на анализе тенденций в садоводстве и виноградарстве, связанные с переходом экономики к системе рыночных отношений.

С 1998 года научно-методическое руководство развитием научной школы возглавил Егоров Евгений Алексеевич – доктор экономических наук, профессор, а восстановленный в статусе отдел экономических исследований – Усенко Валерий Александрович – Заслуженный экономист Кубани.

Развитие научной школы приобрело новые очертания – теоретические исследования и экспериментальное моделирование организационно-экономических основ управления, мониторинга и программных методов развития виноградо-винодельческого и плодово-ягодного подкомплексов АПК в условиях формирующихся рыночных отношений.

С 2001 г. и по настоящее время руководство отделом экономических исследований осуществляет Шадрина Жанна Александровна – кандидат экономических наук, доцент, Лауреат премии администрации Краснодарского края в области науки (2004г.).

Отдел экономики проводит фундаментальные, приоритетно-прикладные и прикладные исследования, целью которых является:

мониторинг процессов в макро- и микроэкономике, определение характера и степени их влияния на эффективность производства, определение и расчет зависимостей для принятия управленческих решений в целях нивелирования негативных процессов в растениеводстве;
мониторинг и анализ эффективности технологических процессов производства растениеводческой продукции, экономическая оценка влияния внешних факторов, снижающих эффективность производства с целью постановки задач на организацию и проведение исследований по созданию новых поколений технологий или модификации существующих (критерии и их параметры);
методологическое обоснование и разработка механизмов управления процессами, имеющих целью повышение экономической эффективно­сти отраслевого предпринимательства (включая все аспекты - организационные, технологические и т.д.).
В связи с происходящей трансформацией научно-технической сферы, в рамках развивающейся научной школы выделено новое направление – методологические аспекты организации научно-технической деятельности в условиях формирующихся рыночных отношений. В рамках этого направления осуществляются исследования и разработка форм, методов, нормативной базы для повышения эффективности НТД.