Основатель научной школы защиты плодовых пород и винограда от вредных организмов на Северном Кавказе – кандидат с.-х. наук Екатерина Моисеевна Стороженко (1910-1998). Руководила исследованиями отдела защиты растений института с 1941 по 1978 год.

Е.М.Стороженко сформировано основное направление исследований – разработка интегрированной защиты растений по агроэкологическим зонам с учетом устойчивости сортов к патогенам. Впервые в мировой науке и практике ею разработана дифференцированная защита яблони и винограда от основных заболеваний; впервые для региона – интегрированная система защиты садов и виноградников от вредителей и болезней с широким привлечением биометода, агротехники и других не химических методов фитосанитарного мониторинга.

Большой вклад в организацию работ по защите растений, наряду с Екатериной Моисеевной, внесли первые сотрудники плодово-ягодной опытной станции (далее СКЗНИИСиВ) – С.В. Рысаков, В.Г. Самусевич, К.П. Кузнецов, В.П. Данилов, Н.Н. Воробьева.

Е.М.Стороженко – автор более 75 научных работ и монографии «Болезни плодовых культур и винограда» (1970). Награждена медалями За доблестный труд в Великой Отечественной Войне (1964), За трудовую доблесть (1966), Орденом Знак почета (1971), медалями ВДНХ. Под её руководством защищено 7 кандидатских диссертаций.

Работу Е.М.Стороженко продолжили ее ученики. С 1976 года отдел и направление исследований возглавила Вера Михайловна Смольякова, доктор с.-х. наук , профессор, Заслуженный работник сельского хозяйства Кубани, Заслуженный деятель науки Кубани.

Развивая и расширяя НИР в области защиты растений, в отделе создаются группы по бактериальным, вирусным и микоплазменным заболеваниям. Исследования координируются с близкими по профилю научно-исследовательскими учреждениями зоны Северного Кавказа и страны. Разработки внедряются ежегодно на 100 и более тыс. гектаров садов и виноградников. Научные заслуги В.М. Смольяковой отмечены Премией Администрации Краснодарского края (2001). Она автор 2 монографий и более 230 научных работ. Под её руководством защищено 8 кандидатских диссертаций.

Значительный и весомый вклад в развитие исследований по защите плодовых от вредителей и болезней внесли в разные годы научные сотрудники А.А. Бондаренко, Б.Г. Иваненко, Б.Т. Дудниченко, Н.И. Грибкова, В.Г. Кузнецова, А.М. Жидовкин, кандидаты наук А.И. Талаш, Т.М. Самусь, Г.В. Якуба, С.Р. Черкезова, М.Е. Подгорная, Н.А. Холод, С.В. Прах, доктора наук Е.М. Сторчевая, Л.А. Пузанова и ряд других исследователей.

С 1992 года в трех агроэкологических зонах садоводства ежегодно испытывается более 10 интегрированных систем защиты плодовых от вредных объектов. Создаются базы данных по биологии парши, мучнистой росы, курчавости листьев персика и др. болезней, вредителей садов и их энтомофагов. Совместно с отечественными и зарубежными фирмами ведутся разработки экологизированных систем защиты плодовых пород и ягодников от вредных организмов.

Избранные направления фундаментальных и прикладных исследований продолжают оставаться актуальными и позволяют участвовать в координации НИР по отрасли: по договорам о творческом сотрудничестве ведется совместная работа или осуществляется координация исследований с 5-14 научно-исследовательскими учреждениями страны. Только за последнее десятилетие сотрудниками отдела защиты плодовых культур опубликовано 5 монографий, сборник методических материалов и более 300 печатных работ.

На основании результатов многолетних исследований к 2013 году созданы экологизированные интегрированные системы защиты садов и ягодников от вредителей и болезней, позволяющие снизить пестицидные нагрузки и сохранить свыше 95 % урожая с высоким качеством плодов.